Phần chính của chùa Thầy gồm ba tòa song song với nhau gọi là chùa Hạ, chùa Trung và chùa Thượng. Giữa chùa Hạ và chùa Trung có ống muống nối với nhau, tạo thành thế hạ công thượng nhất.

Chùa Hạ là nhà tiền tế, bày các tượng Đức Ông, Thánh hiền. Ống muống để tượng Bát bộ Kim Cương. Chùa Trung bày bàn thờ Phật, hai bên có hai tượng Hộ pháp, tượng Thiên vương. Chùa Thượng hay chùa trên tách biệt hẳn, ở vị trí cao nhất, biển đề Đại hùng Bảo điện, đồng thời là nhà thánh, để tượng Di Đà tam tôn,Thích Ca, tượng ba kiếp của thiền sư Từ Đạo Hạnh, ban thờ Lý thần Tông còn có 1 đôi Phượng Hoàng gỗ, 2 tượng Phỗng thế kỷ 18 đời vua Lê Ý Tông,

Xung quanh chùa có hai dãy hành lang phía sau có lầu chuông, lầu trống. tương truyền do bà Chúa Chè Tuyên Phi Đặng Thị Huệ xin với chúa Tĩnh Đô Vương Trịnh Sâm xây dựng khi về thăm chùa,

Phía trước chùa là một sân rộng nhìn ra hồ Long Chiểu, tạo thành hàm của rồng trước trồng hai cây gạo, nhưng hiện tại hai cây gạo đã chết, được thay bởi cây đa. Từ sân này có hai cầu là Nhật tiên kiều và Nguyệt tiên kiều nối sang hai bên, tạo thành hai râu rồng. Hai cầu này do Phùng Khắc Khoan xây vào năm 1602. Cầu Nhật Tiên nối sang một hòn đảo nhỏ, trên đảo có đền thờ Tam phủ. Cầu Nguyệt Tiên nối vào đường lên núi.

Giữa ao Long Chiểu có thủy đình là viên ngọc giữa miệng rồng. Đây cũng là nơi diễn ra trò múa rối nước. Từ Đạo Hạnh được cho là ông tổ của hình thức biểu diễn dân gian này.

• Ban Tam Bảo chùa Trung
• Kiệu Thánh Tổ rước ngày hội 7/3
• Kiệu Ngọc Lộ
• Kiệu văn rước lễ phẩm của các thôn dâng lên Phật, Thánh Tổ
• Ban thờ Vua Lý Thần Tông, tượng tạc năm 1735
• Phỗng, tạc đời Lê Trung Hưng, 1735
• Tam bảo
• Hồ Long Chiểu, thủy đình múa rối của bà Tuyên phi Đặng Thị huệ vợ chúa Trịnh Sâm xây cúng chùa.
• cầu Nhật tiên kiều xây năm 1602 đời mạc, của Trạng nguyên Phùng Khắc khoan cúng